Administração
Como fazer atualização do certificado virtual e-CNPJ
Para efetuar a atualização do certificado digital e-CNPJ dentro do sistema, o processo é o seguinte:
Entre em Configurações » Parâmetros do sistema.

Após, clique em Certificado Digital. Todas as suas empresas que estiverem cadastradas em sistema vão possuir uma aba para inserção do certificado.

Clique em Selecionar certificado;

E como ultimo passo, faça como consta na imagem:

Com esses passos feitos, o seu certificado estará atualizado em sistema.